In Harvest Moon: Island of Happiness ben je gestrand op een onbewoond eiland nadat een tropische storm je schip heeft vernietigd. Het is aan de jou een boerderij te beginnen op het eiland en deze alsmaar uit te breiden. Zo wordt het eiland leefbaar en een waar paradijs.
Je gebruikt hierbij het touchscreen van de DS en de stylus, om jouw vee en akkers te beheren. Aan het begin van het spel is het ook mogelijk te kiezen of je een vrouwelijk personage aanmaakt, of juist een mannelijke. Het is daarnaast een optie tegen anderen te gaan boeren via de Wi-Fi-mogelijkheid van de DS.