Het nieuwste deel in de Mario vs. Donkey Kong-serie begint als Mario een schitterend nieuw pretpark opent waarbij zijn vriendin Pauline als speciale gast aanwezig is. De festiviteiten komen echter abrupt ten einde als de ongelukkige Donkey Kong besluit Pauline recht onder Mario’s neus te ontvoeren!
Om Pauline uit Donkey Kongs klauwen te bevrijden moet je een groep kleine Mario-speelgoedpoppetjes door levels vol puzzels en hindernissen loodsen. Het is in elk level weer een hele kunst om de Mini Mario’s bij de uitgang te krijgen. Trek bruggen op, maak ladders, plaats trampolines en verplaats blokken om de Mini Mario’s voorbij hindernissen en vijanden te helpen!
Voordat je je Mini Mario’s activeert moet je het level analyseren en een strategie bedenken om de uitgang te bereiken. Als de Mini Mario’s eenmaal in beweging zijn gezet, kunnen ze niet meer stoppen. Je moet ze goed in de gaten houden om ervoor te zorgen dat er niet ergens eentje achterblijft. Alle Mini Mario’s moeten binnen de tijd de uitgang bereiken, anders is de missie mislukt!