Van der Keuken werd in de jaren 50 bekend als fotograaf, door zijn fotoboek 'Wij zijn 17' (1955). Later volgden Achter glas (1957), Paris mortel (1963) en After Image (1992). Na zijn opleiding aan het IDHEC in Parijs (1956-1958) debuteerde hij in 1960 als cineast met de korte film 'een zondag'. Van der Keuken maakte vijftig films. Uit de films bleek zijn kritische houding tegenover de geïndustrialiseerde maatschappij. De laatste film die Johan van der Keuken maakte, De grote vakantie, is een aangrijpende verfilming van wat er gebeurt met iemand die weet dat hij snel zal sterven.
Zowel Van der Keukens fotografie als film hebben nationaal en internationaal erkenning gekregen, en zijn geregeld onderscheiden. In 1988 ontving hij voor zijn oeuvre de Nederlandse Cultuurprijs. In 2000 kreeg hij de Bert Haanstra Oeuvre Prijs en in datzelfde jaar ontving hij ook de Persistence of Vision Award van het San Francisco International Filmfestival.