Enemy Territory: Quake Wars benadert een ander perspectief uit de Quake-serie. Het spel speelt zich namelijk af voor de gebeurtenissen op het legendarische Quake II in het jaar 2065. Desondanks is de game alleen bedoeld voor multiplayer. In het spel strijd de Global Defense Force (GDF) tegen de invasie van het Strogg-ras op aarde. Spelers kunnen zowel als mens en Strogg spelen in een van de vijf character klassen. Elk ras heeft unieke klassen. Zo heeft de GDF een Medic waarmee men een gewonde soldaat weer beter kan maken. De Strogg hebben daarvoor in de plaats een Technician. Die kan het lijk van een GDF soldaat gebruiken om een wachtende speler te hosten.
De gameplay van Enemey Territory: Quake Wars is verdeeld in verschillende spelmodi waarbij je strategische missies moet zien te voltooien. Zo zal, als voorbeeld, de Strogg een basis moeten verdedigen en moet de GDF die aanvallen. Als de GDF alle vijandelijke linies heeft gebroken heeft men gewonnen. Tijdens de gevechten kun je gebruik maken van vele voertuigen en andere objecten. Zo zijn er jeeps, tanks, vliegtuigen, APC’s en meer.
Het wapenarsenaal van de GDF is voornamelijk gebaseerd op de hedendaagse technologie, terwilj de Strogg vreemde buitenaardse technologie gebruiken om met hun tegenstander af te rekenen. De GDF gebruikt wapens als machinegeweren, raketlanceerders en hover-copters. De Strogg gebruiken wapens die energie en zwaartekracht kunnen manipuleren zoals de Hyper Blaster, Lightning Gun en zelfs een gigantische robot uitgerust met veel geschut.
Verspreid over de omgevingen zijn ook verschillende installaties zoals luchtafweergeschut. Interessanter is echter dat zowel de Strogg als de GDF hun eigen installaties kunnen neerzetten op de map. Dit kan bij de Strogg bijvoorbeeld alleen worden gedaan door de Technician, en kost dat vanzelfsprekend ook tijd. De GDF heeft weer de ‘Field Ops’. Dit personage kan een gigantische laser vanuit de ruimte laten neerknallen om alles en iedereen uit de weg te ruimen. Zijn tegenstander bij de Strogg, de ‘Opressor’, mortieren kan afschieten.
Zodoende moeten spelers goed samenwerken om naar het einddoel te streven. Tijdens het spelen is het mogelijk om verschillende upgrades te krijgen waardoor je personage tot meer in staat is.
Enemy Territory: Quake Wars gebruikt een nieuw soort techniek (engine) om omgevingen te creëren. Dit noemen de ontwikkelaars ook wel de ‘MegaTexture’ technologie. Daarnaast bevat het spel dynamische lichtinval waardoor veel spelmappen zowel overdag als ’s nachts speelbaar zijn met realistische schaduwen, vegetatie, weer en atmosfeer. Zodoende kun je spelen bij woestijnen, gletsjers en bergen. Verder kent de game realistische physics waardoor objecten en personages zich houden aan de wetten van de natuur.